Большая часть доклада «Свобода совести в РФ» посвящена проблеме притеснений различных религиозных организаций. По мнению автора доклада Сергея Бурьянова, за прошедший год в России стало больше преследований «по мотивам мировоззренческой принадлежности». Представители «неправославных религиозных организаций» систематически испытывают проблемы из-за представителей власти. «В последнее время чиновники все чаще пытаются лишить религиозные организации помещений и земли, они испытывают сложности с арендой»,— утверждает С. Бурьянов.
Авторы выделяют «массовые неправомерные действия» силовых структур государства, направленные против верующих. Некоторые религиозные организации столкнулись с трудностями в связи с регистрацией, а некоторые и вовсе были ликвидированы.
В 2013 году получили продолжение системные массовые преследования Свидетелей Иеговы и других верующих непринадлежащих РПЦ МП. Продолжилось усиление давления властей со стороны властей. Все это, по словам авторов доклада, привело к массовым протестам в различных регионах России.
Правозащитники считают, что в стране системно нарушаются конституционные принципы.
С.Бурьянов убежден, что «клерикальная идеологизация» охватила органы государственной власти, силовые структуры, систему образования и СМИ. Отдельно правозащитники критикуют принятый в прошлом году закон о введении наказания за оскорбление чувств верующих. Он вводит наказание до трех лет лишения свободы за «публичные действия, выражающие явное неуважение к обществу и совершенные в целях оскорбления религиозных чувств». «Мы четко осознали, что если этот закон действительно будет работать, то осужден может быть кто угодно и за что угодно,— заявил Сергей Бурьянов.— Выход один — отменить его».
Кроме того следует отметить , что принятый закон в большинстве случаев применяется избирательно либо не работает вообще.
